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4008.com搭建作物黄萎病菌资源和基因组数据库

文章来源:作物黄萎病研究组      作者:张丹丹   来源:云顶集团官网 点击数: 次      发布时间:2020-11-11

近日,4008.com作物黄萎病研究团队与美国加州大学戴维斯分校联合牵头的“全球黄萎病菌基因组研究”计划取得重要进展,搭建国际上第一个作物黄萎病菌资源和基因组数据库(Verticilli-Omics)正式上线。用户可在该网站查阅收录的菌种资源信息、测序菌株基因组可视化展示、数据挖掘和分析等工作。

大丽轮枝菌是一种毁灭性的土传维管束病原真菌,曾与马铃薯晚疫病病原并列为世界头号检疫对象,寄主广泛,年均损失近百亿美元。大丽轮枝菌种群结构极其复杂,然而以往研究受限于病原遗传资源来源数量少、样本代表面狭窄问题,导致种群结构划分混乱、种群演化路径不清,研究结论容易碎片化,制约了人们对该病原种群结构及其演化机制的系统全面理解,以及农业生产实践中对其进行分子流行监测与防控。我院作物黄萎病研究团队围绕大丽轮枝菌菌种资源遗传多样性不足问题,与美国加州大学戴维斯分校联合组织国内外16家单位开展协同攻关,构建了迄今为止来源国家和寄主最为系统、基因型最为全面的菌种资源库,发起了“全球黄萎病菌基因组研究”计划,完成了159株大丽轮枝菌全基因组及3624株基因组重测序工作,搭建了Verticilli-Omics数据库开始线上运行。

Verticilli-Omics数据库1.0版本优先释放了菌种资源和全基因组数据。菌种资源数据库收录了来源10个国家26个寄主共8102份黄萎病菌菌种资源,为迄今为止遗传多样性最丰富的菌种资源数据库;全基因组数据库释放了159个大丽轮枝菌全基因组数据,占目前已释放大丽轮枝菌基因组总数的85%;搭建了基因组可视化、基因组注释信息、基因功能检索、基因组家族聚类、基因比对、基因多样性鉴定、致病相关基因富集等检索和分析通道。团队目前正在开展Verticilli-Omics数据库2.0版本构建工作,将整合重测序的大丽轮枝菌基因组搭建遗传变异组数据库。

Verticilli-Omics数据库在线将为作物黄萎病研究领域提供重要的数据资源和共享服务,同时也为合作团队后续构建全球大丽轮枝菌种群结构参考“基线”并阐明其演化机制、建立完善的种群分子流行监测技术体系提供重要支撑。

该研究工作得到国家重点研发计划政府间国际科技创新合作重点专项(2018YFE0112500)、中国农科院国家科技创新工程等资助。

Verticilli-Omics数据库网址:https://db.cngb.org/Verticilli-Omics